北海道の主産業として水産業が重要な位置を占めることから、北海道庁は水産物を陳列する施設を函館公園内に建設することにしました。 工事は明治22(1889)年に開始され、翌年４月に完成しました。資料の収集・展示のため、開館は明治24年７月１日となりました。建物の面積は96坪(約317�u)ありました。建物は洋風の平屋建で、自然光と空気の流れを配慮して窓を多く取り付けています。
　庁立の水産陳列場は、 明治28年３月31日の廃止にともない函館区へ払い下げられ、４月１日から函館区立の水産陳列場となりました。さらに、６月には庁立函館商業学校附属商品陳列場も函館区に払い下げられ、水産陳列場に統合されました。こうして、開拓使函館支庁仮博物場は函館博物場第一館、函館県第二博物場は第二館、水産陳列場は第三館として再編されました。その後第三館が明治34年４月１日に廃止され、第一・第二館に資料が移されました。
　大正９(1920)年、第一館は水産館、第二館は先住民族館と改称し、昭和23(1948)年市立函館博物館設置条例が制定され、30年に五稜郭分館、41年に本館、44年郷土資料館が開館し現在に至っています。