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市立函館博物館の歴史は、明治４年開拓使顧問ホーレス・ケプロンが、北海道の開拓に博物館が必要であると説いたことにより、明治12年(1879)５月25日に開拓使函館仮博物場が開場しその幕を開けました。
明治17年８月11日、第二博物場が隣接して開場し、明治24年７月１日には水産陳列場が開場しました。博物場は古い順に函館水産陳列場第一館、第二館、第三館と呼ばれ、第三 館は明治34年に廃止となりました。第一館、第二館は現在も当時の姿を残し函館公園内に保存されています。
博物場開場後の管理は、明治15年開拓使の廃止に伴い函館県に引き継がれ、明治19年の三県廃止により北海道庁、函館区役所へと移管されてゆきました。その後、大正11年(1922) の市制施行とともに函館市所管となります。
昭和７年(1932)、第一館、第二館は水産館、先住民族館に改称され、昭和18年からは函館図書館付設の施設となります。そして昭和23年の市立函館博物館設置条例により新しい博物館の建設を待ちます。
昭和41年４月28日、市立函館博物館本館が総合博物館として開館し、平成10年(1998)には開拓使函館支庁仮博物場開場以来120周年を迎え、現在にいたっています。
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