 2003年 「函館山―過去，現在，そして未来へ」（終了しました） |
| 2004年 「ペリー箱館来航150年」（終了しました） |
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| 2007年 「土偶（中空土偶）」国宝指定記念「蘇る北の縄文ロード−発掘された縄文の世界−」 |
| 2007年 「アイヌからのメッセージ２００７ ―現在から未来へ―」（終了しました） |
| 2008年5月27日(火)〜7月6日(日)「函館繁盛記―街を支えたモノツクリ―」（終了しました） |
| 2009年7月18日(土)〜9月6日(日)「アイヌの美−カムイと創造する世界−ロシア民族学博物館・オムスク造形美術館所蔵資料」（終了しました） |
| 2010年4月24日(土)〜7月11日(日)「いきもの事始め―函館発 博物学大事典」（終了しました） |
