このコーナーは、当館に収蔵されている資料のうち、地質・鉱物、植物、動物など、自然史に関する資料を展示しています。今回は、当館に関係が深く明治期に活躍した博物学者のブラキストンとジョーダンおよびフランソワ・プールエ（日本名岡田普理衛）に関する資料を展示しました。他に、道南地方で見られる鳥類、昆虫類、貝類、岩石類、鉱物類、古生物に関する資料を展示しています。

・ブラキストンと鳥たち

・はく製水族館
　−ジョーダンと明治時代に採集された魚たち−

・道南、冬の風景

・昆虫図鑑

・いろいろな貝類

・昭和４年北海道駒ヶ岳の大爆発

・地質・鉱物

・岡田普理衛コーナー

・古生物